В настоящее время признано, что эукариоты произошли от прокариот. Об их единстве свидетельствует сходство процессов синтеза белка в клетке, универсальность генетического кода.
Существуют две гипотезы происхождения эукариот от прокариот:
1. Сукцессивная гипотеза утверждает, что мембранные органеллы клетки (ядро, митохондрии, пластиды, аппарат Гольджи) возникли постепенно (сукцессивно) из мембраны клеток прокариот.
2. Эндосимбиотическая гипотеза предполагает, что в эволюции эукариот большую роль сыграл симбиоз различных прокариот. Допускается, что митохондрии и хлоропласты могли развиться из симбиотических бактерий.
Большинство ученых предполагают, что предками современных простейших были древние саркомастигофоры с разнообразными способами питания и со жгутиками примитивного строения. От этих предковых форм развились три ветви:
- саркодовые;
- эволюционно продвинутые жгутиконосцы;
- опалиновые.