Нуклеаза Ва131

В 1975 г. X. Грэй с соавторами, изучая вне­клеточные нуклеазы Alteromonas espejiana Ваl31, обнаружили фермент, который функцио­нирует: 1) как экзонуклеаза, катализирующая удаление малых олигонуклеотидов или мононуклеотидов одновременно с 5'- и З'-концов двухцепочечной ДНК, причем обе цепи ДНК деградируют примерно с одинаковой ско­ростью; 2) как эндонуклеаза, специфичная к одноцепочечной ДНК. Данный фермент получил название нуклеаза Ва131.

Способность нуклеазы Ва131 вызывать де­градацию с концов одновременно обеих цепей молекулы ДНК привлекла к этому ферменту внимание исследователей. Оказалось, что обра­зовавшиеся после обработки Ваl31 фрагменты ДНК можно сшить с помощью ДНК-лигазы фа­га Т4 с другими молекулами ДНК, имеющими тупые концы. Эффективность лигирования су­щественно повышается, если укороченные с помощью Ваl31 молекулы ДНК обработать фрагментом Кленова ДНК-полимеразы I E. coli. Это указывает на то, что в результате гидролиза нуклеазой Ва131 образуются фрагменты ДНК как с тупыми, так и с одноцепочечными кон­цами.

В определенных условиях линейную двухцепочечную ДНК можно контролируемо гидролизовать с обоих концов нуклеазой Ва131, что используется при конструировании гибридных молекул ДНК, когда необходимо в их составе сблизить какие-либо функционально значимые генетические элементы.

Нуклеаза S1.

Этот фермент, выделяемый из гриба Aspergillus oryzae, об­ладает эндо- и экзонуклеазной активностью и не проявляет какой-либо специ­фичности к нуклеотидной последовательности ДНК. При концентрации NaCl около 0,3 М нуклеаза S1 гидролизует только однонитевые полинуклеотиды, а в двунитевых не образует даже ники. Данный, фермент используется для уда­ления любых однонитевых структур, включая однонитевые участки в шпиль­ках или в частично денатурированных областях ДНК.

Экзонуклеаза фага λ.

Данный фермент атакует преимущественно двунитевую ДНК и отщепляет 5'-нуклеозидмонофосфаты от 5'-конца цепи. Его ис­пользуют для получения однонитевых выступающих 3'ОН-концов путем по­следовательного удаления нуклеотидных остатков от 5'ф-конца комплементар­ной нити. (Такой же активностью обладает и ДНК-полимераза I.)