Каждый компонент нейрокомпьютера представляет собой отдельный модуль. Для управления работой нейросетевой системы используется управляющая программа, которая выполняет функции загрузки модулей, организации обмена информацией между модулями, базами данных и знаний. Данный компонент называется управляющим модулем (менеджером). Задача этого компонента – управление работой программного комплекса нейрокомпьютера, обеспечивающее эффективное взаимодействие всех его составных частей.