Кризисные явления в жизни Советского государства стремительно нарастали. Коммунистическая партия теряла контроль над страной. Проявились признаки скорого распада Советского Союза. В этой обстановке Церковь более не могла, как ранее, воздерживаться от суждений от суждений по путям развития общества.
5 ноября 1990 года, впервые после послания святителя Тихона по поводу годовщины Октября, Святейший Патриарх в обращении к согражданам дал содержательную оценку этому событию: «Семьдесят три года назад произошло событие, определившее путь России в двадцатом столетии. Этот путь оказался скорбен и тяжек... И пусть все минувшие годы один за другим встанут в нашей совести и будут нас умолять не платить человеческими судьбами за эксперименты и принципы политиков».
По просьбе Святейшего Патриарха гражданскими властями Рождество Христово было объявлено выходным днём. В 1991 году, впервые за семь десятилетий, в этот праздник граждане не принуждались к работе.
В августе 1991 года группа государственных деятелей в день Преображения Господня объявила об устранении президента СССР М. С. Горбачёва. В ночь с 20 на 21 августа, когда поступили первые известия о пролитии крови в Москве, Первосвятитель выступил со специальным обращением. Он призвал под угрозой отлучения от Церкви воздерживаться от применения оружия.
23 августа в своём послании к архипастырям, пастырям, монашествующим и всем верным чадам Русской Православной Церкви, Святейший Патриарх Алексий II заявил: «В дни, которые только что довелось пережить нам, кончился Промыслом Божиим период нашей истории, начатый в 1917 году. Отныне уже не может вернуться время, когда одна идеология владела государством и пыталась навязать себя обществу, всем людям. Коммунистическая идеология, как мы убеждены, никогда более уже не будет государственной в России... Россия начинает труд и подвиг исцеления!».
После августовского путча распад Союзного государства стал практически неизбежным. Предвидя это, СвященныйСинод 22 октября 1991 года в своём заявлении напомнил чадам Церкви о том, что изменение государственных границ не должно повлечь за собой изменение состава поместной Церкви, а распад Союза не подразумевает автокефалии её отдельных частей.