Полномочия Президента, вытекающие из различия конституционных функций главы государства и парламента, в главном не конкурируют с полномочиями представительного органа. Конституция проводит четкое различие их полномочий исходя из принципа разделения властей. В то же время полномочия Президента в сфере взаимоотношений с парламентом позволяют рассматривать главу государства как непременного участника законодательного процесса. Президенту принадлежит право назначать выборы Государственной Думы, в то время как выборы Президента назначаются Советом Федерации. В то же время Совет Федерации формируется на основе Конституции РФ и федерального закона без участия Государственной Думы и Президента. Таким образом, назначение выборов этих трех органов государственной власти происходит не на взаимной основе, чтобы избежать взаимозависимости. После выборов Государственная Дума собирается на тридцатый день самостоятельно, но Президент может созвать заседание Думы раньше этого срока.
Президент имеет право законодательной инициативы, т. е. внесения законопроектов в Государственную Думу, он обладает правом вето на законопроекты, принятые Федеральным Собранием. Это вето, именуемое в теории как относительное, может быть преодолено при повторном принятии законопроекта двумя палатами Федерального Собрания при раздельном обсуждении большинством в две трети голосов каждой палаты — в этом случае Президент обязан подписать закон в течение семи дней. Законопроект становится законом и вводится в действие только после его подписания и обнародования Президентом. На рассмотрение отводится 14 дней, после чего закон или должен быть отклонен, или вступает в силу. От права на отклонение законов (вето) отличается право на возвращение принятого палатами закона, если Президент усматривает в процессе принятия или одобрения закона нарушение конституционных условий и процедур его принятия или одобрения. Конституционный Суд РФ в постановлении от 22 апреля 1996 г. подтвердил такое право Президента, исходя из его роли как гаранта Конституции РФ.
Президент обращается к Федеральному Собранию с ежегодными посланиями о положении в стране, об основных направлениях внутренней и внешней политики государства, с бюджетным посланием, но обращение с этими посланиями (которые, кстати, в присутствии Президента не обсуждаются) не означает обязанности Федерального Собрания беспрекословно согласиться с высказанными идеями. Порядок взаимодействия Президента с палатами Федерального Собрания в законотворческом процессе (разработка законопроектов, использование права вето, подписание) регулируется Положением, утвержденным указом Президента РФ (в редакции от 7 нояюря 2005 г.).
Президент назначает референдум в порядке, установленном федеральным конституционным законом, другие органы принимать решение о проведении общероссийских референдумов не вправе.