Органы боковой линии, Орган слуха представлен только внутренним ухом

Для органов обоняния окуня и большинства других костистых рыб характерно полное подразделение каждой ноздри на переднюю и заднюю.

Органы вкуса — это единственная категория органов чувств, которую считают приуроченной к энтодерме. Органы пищеварения. Ротовая полость усажена многочисленными мелкими зубами. Боковые стенки глотки прорезаны пятью жаберными щелями. За глоткой следует короткий пищевод, переходящий в крупный хорошо растяжимый желудок. После желудка начинается тонкая кишка, которая сохраняет однообразный вид до самого заднепроходного (анального) отверстия. Толстой кишки со спиральным клапаном нет. Плавательный пузырь представляет собой заполненный газами «поплавок», т. е. гидростатический орган, способный компенсировать избыточную плотность тканей, особенно костной ткани, и обеспечивать телу нейтральную плавучесть. У окуня, как и у других костистых рыб, плавательный пузырь развивается как выпячивание спинной стенки пищевода. Соединение с пищеводом в виде так называемого пневматического канала.может сохраняться пожизненно (например, у обыкновенной щуки Esoxluciusи других открытопузырных рыб) или же прерываться в ходе онтогенеза (у окуня и других закрытопузырных рыб). Степень наполнения плавательного пузыря регулируется газовыми железами — густыми сплетениями артериальных или венозных капилляров, в которых кровь соответственно выделяет или захватывает кислород (хотя в плавательном пузыре содержатся также азот и двуокись углерода). Располагаясь в брюшной полости, плавательный пузырь всегда размещен ниже центра масс, в связи с чем уже при небольшом крене тела порождает переворачивающий момент. Ради снижения этого момента плавательный пузырь прижат к верхней стенке брюшной полости, располагаясь практически под самым позвоночником (выше него находится только почка, лежащая вне целома).

Полагают, что первоначально плавательный пузырь возник в эволюции в качестве органа дополнительного (воздушного) дыхания, поскольку вмещать пузырёк воздуха и тем самым выполнять эту роль его предшественник мог даже при самых малых размерах.

Органы дыхания. У окуня, как и у других костных рыб, первые четыре жаберные дуги несут по полной жабре, (т. е. по два ряда жаберных лепестков — по две полужабры.Кроме того, на внутренней стороне основания жаберной крышки размешена так называемая ложная жабра, гомологичная таковой на передней стороне брызгальца акулы. Жаберная крышка и её кожистая перепонка замыкают позади и ниже жабр так называемую оперкулярную полость. Они плотно прилегают своим краем к переднему краю туловища (к покровному плечевому поясу), образуя с ним герметичный контакт. В отличие от акул костистые рыбы полностью лишены жаберных перегородок, их жаберные лепестки сидят двумя рядами на каждой жаберной дуге. Живая рыба раздвигает эти ряды, так что лепестки соседних жабр смыкаются вершинами, перегораживая жаберную щель и формируя между ротоглоточной и оперкулярной полостями сплошное мелкоячеистое «сито», которое омывается протекающей сквозь него водой.

Кровеносная система. Все костистые рыбы имеют лишь один круг кровообращения. Сердце окуня включает только три отдела — венозную пазуху, предсердие и расположенный под ним желудочек. Стенки лежащего впереди от желудочка вздутого образования образованы не поперечно-полосатой, а гладкой мускулатурой и толстым слоем эластичных волокон, что характерно для артериального русла. Это луковица аорты

Органы выделения. Лентовидные туловищные почки костистых рыб тянутся над плавательным пузырём поверх всей брюшной полости, тесно прилегая снизу к позвонкам и основаниям рёбер. Их передние отделы увеличены и слиты между собой; это лимфоидные, кроветворные органы, не участвующие в формировании мочи. Вольфовы каналы, исполняющие роль мочеточников, тянутся по краю каждой почки к особому отверстию. У самки оно лежит позади анального и полового, у самца объединено с половым. Перед выходом наружу мочеточники объединяются, образуя мочевой пузырь.

Для костистых рыб характерна своеобразная стратегия размножения, в корне иная, чем у акуловых рыб, — огромное количество мелких и практически незащищённых яиц при наружном оплодотворении. Высокая потенциальная плодовитость компенсирует низкую выживаемость потомства.

Эмбриональное развитие. Яйца окуня и большинства других костистых рыб относят к телобластическому типу. Они содержат меньшее количество желтка, чем у хрящевых рыб, но, тем не менее, испытывают неполное дробление, так что бластодерма выглядит, как одетая на желток шапочка. Дальнейшее развитие включает типичные процессы инвагинации и эпиболии. Своеобразие костистых рыб состоит в определённых признаках рационализации онтогенеза. Образование многих полостей (целомических камер, слуховых пузырьков, невроцеля, глазных пузырей) происходит путём расщепления первоначально сплошных клеточных масс (путём деламинации, или схизоцельно) взамен впячивания и отшнуровывания.