Забезпечує правову охорону вод від забруднення, засмічення і виснаження та регулює порядок їхнього використання.
Водним кодексом передбачено пріоритет питтєвого і побутового водокористування. Для охорони вод, які використовуються для питних і побутових потреб, курортних, лікувальних і оздоровчих потреб, встановлюються округи і зони санітарної охорони із суворим режимом використання, а також водоохоронні зони лісів.
У кодексі закріплені обов'язки водокористувачів щодо раціонального використання водних об'єктів, економного витрачання води, відновлення і поліпшення її якості. Власники засобів водного транспорту, лісосплавні організації не повинні допускати забруднення і засмічення вод внаслідок впливу масел, хімічних речовин, нафтопродуктів тощо.
У галузі сільського господарства водокористувачі повинні попереджувати забруднення вод мінеральними добривами і отрутохімікатами. Водним кодексом встановлена адміністративна або кримінальна відповідальність за порушення водного законодавства (самовільне захоплення водних об'єктів, забруднення і засмічення вод, безгосподарське використання вод, введення в експлуатацію підприємств та інших об'єктів без споруд, які попереджують забруднення і засмічення вод тощо). Водним кодексом передбачено відшкодування збитків, які заподіяні порушеннями водного законодавства.