В дополнение к Национальному календарю прививок российские регионы могут принимать и свои календари вакцинации. Если прививки в рамках Нацкалендаря финансируются из федерального бюджета, то дополнительные вакцины регионы закупают за собственные средства (как и вакцины в рамках второй части Нацкалендаря — по эпидпоказаниям).
В Свердловской области детей в возрасте 20 мес. вакцинируют от гепатита А.
Такую же вакцинопрофилактику проводят и в ряде других регионов России (Пермь, Сургут, Красноярск, Краснодар, Челябинск и т.д.)
Департамент здравоохранения Москвы с 2009 года ввел вакцинацию от гемофильной инфекции типа b, пневмококковой инфекции, гепатита А, ветряной оспы и вируса папилломы человека.
В Мурманской области в 2017 году детям вводили вакцины против вирусного гепатита А, пневмококковой инфекции, сезонного гриппа и для детей с особыми показаниями на комбинированную вакцину против дифтерии, коклюша, полиомиелита, столбняка и гемофильной инфекции типа b.
В Сахалинской области закупили вакцины против гриппа, пневмококковой инфекции, клещевого энцефалита, ротавирусной инфекции, ветряной оспы.
Таким образом, Национальный календарь с каждым годом расширяется за счет дополнения календаря прививок различных регионов.