Разногласия в НАОС

Разгар войны

Уголовный закон 1991 года

Совет революционного командования национального спасения

30 июня 1989 года в Судане произошёл военный переворот под руководством полковника Омара аль-Башира. После этого был создан «Совет революционного командования национального спасения», который возглавил аль-Башир. Он также стал министром обороны и главнокомандующим вооружёнными силами Судана. Омар аль-Башир распустил правительство, запретил политические партии, деятельность профсоюзов и других «нерелигиозных» учреждений, ликвидировал свободную прессу. После этого в Судане снова началась политика исламизации страны.

В марте 1991 года в Судане был опубликован Уголовный закон, который предусматривал жёсткие наказания по законам шариата, включая ампутации, распятие и побиение камнями. Первоначально эти меры практически не использовались на юге страны, однако в 1993 году правительство начало замену немусульманских судей в южной части Судана. Помимо этого была создана полиция общественного порядка для контроля за соблюдением норм шариата, которая совершала аресты и наказания немусульман, живущих на севере Судана.

Под контролем Народной армии освобождения Судана находились часть экваториальных территорий, Бахр-эль-Газаль, Верхний Нил. Также подразделения повстанцев были активны в южной части Дарфура, Кордофана и Голубого Нила. Под контролем правительственных сил были крупные города на юге: Джуба, Вау и Малакаль.

В октябре 1989 года после перемирия боевые действия возобновились. В июле 1992 года правительственные войска в ходе крупномасштабного наступления взяли под контроль южную часть Судана и захватили штаб-квартиру НАОС в Торите.

Под предлогом борьбы с повстанцами суданское правительство разместило значительные армейские и полицейские силы в южных районах страны. Однако часто эти силы совершали атаки и налёты на деревни с целью получения рабов и скота. В ходе этих боевых действий, по разным оценкам, около 200 000 южносуданских женщин и детей было захвачено и обращено в рабство суданскими вооружёнными силами и иррегулярными проправительственными группировками (Народная армия обороны).

В августе 1991 года в НАОС начались внутренние раздоры и борьба за власть. Часть повстанцев отделились от армии освобождения Судана. Лидера НАОС Джона Гаранга попытались свергнуть с поста руководителя. Всё это привело к появлению в сентябре 1992 года второй фракции повстанцев (во главе с Уильямом Бани), а в феврале 1993 года третьей (во главе с Керубино Боли). 5 апреля 1993 года в Найроби (Кения) лидеры отделившихся повстанческих фракций заявили о создании коалиции.