Валидация потенциальных мишеней in vivo

При рассмотрении методов по экспериментальной валидации мишеней нельзя не упомянуть о методах in vivo. Последние достижения в геномных исследовани­ях показали, что небольшие многоклеточные организ­мы (нематоды, дрозофила, рыбка-зебра и др.) содер­жат гены, близкие к тем, которые ответственны за возникновение болезней у человека. Поэтому в целях валидации мишеней для действия лекарств ₍при раз­личных заболеваниях человека могут быть использо­ваны разнообразные модели

in vivo - от беспозвоноч­ных до «гуманизированных» мышей. К таким системам относятся, например, трансгенные мыши и мыши с нокаут-генами, рыбка-зебра (Danio rerio), нематоды, в том числе хорошо известная Caenorhabditis elegans, плодовая мушка дрозофила {Drosophila melanogaster), платформа VITA (Validation In vivo of Targets and Assays for antiinfectives) на мышах, паразитарные организмы.

Пространственная структура мишеней.

Наи­более рациональный путь нахождения соединения-прототипа нового лекарства с новым механизмом действия - это компьютерное конструирование ле­карства на основе его соответствия пространственной структуре белка-мишени (Structure-Based Drug Design, SBDD). Технология этого метода будет рассмотрена нами далее в главе 2.4.1. Дня реализации данного подхода необходима трехмерная структура биомишени (полученная экспериментально или компьютерная модель на основе биоин­формационных методов).

Информация о простран­ственной структуре белка выбираемого в качестве мишени или о структуре его близкого гомолога является очень жестким ограничением, ко­торое может отсеять большую часть потенциальных мишеней, удовлетворяющих другим требованиям. Нахождение такого близкого гомолога с известной структу­рой делает более простыми, быстрыми и дешевыми последующие компьютерные и экспериментальные процедуры выбора нужного белка-мишени, так как может быть использована существующая практика экспрессии белков, очистки, кристаллизации и т.д.