Выделение балантидий производят путем исследования свежевыделенных фекалий или взятых из прямой кишки животного. Материал необходимо подвергнуть исследованию не позднее 2-3 часов после его взятия. Трупы свиней на наличие балантидий исследуют в течение 5-6 часов после смерти животного. В более поздние сроки балантидий обнаружить не удается в связи с их лизисом. По некоторым данным (А.И.Федоров, 1980) трупы следует подвергать исследованию на обнаружение балантидий в течение 1,5-2 часов после убоя или гибели поросят.
Микроскопическое исследование фекалий лучше всего провести непосредственно на ферме, используя метод нативного мазка. Для этого берут небольшое количество фекалий, помещают на предметное стекло и равномерно перемешивают с равным количеством теплого изотонического раствора натрия хлорида или дистиллированной воды (температура не более 37,0°С), накрывают покровным стеклом и просматривают мазок под малым увеличением микроскопа. В положительных случаях обнаруживают вегетативные формы и цисты балантидий. Под микроскопом отчетливо видны крупные, быстро передвигающиеся при помощи ресничек паразиты.
При необходимости гистологического исследования отбирают кусочки стенок толстого и тонкого кишечника, желудка, лимфоузлов, паренхиматозных органов и фиксируют в 10% растворе формалина. Гистосрезы окрашивают гематоксилин-эозином.