Как обращаться к ячейкам?

В принципе, ничего специфического в смысле обращения к ячейкам массива массивов нет: надо указывать два номера ячеек – первый относится к ячейке внешнего массива, а второй – к ячейке внутреннего, массива, связанно с указанной ячейкой внешнего.

Например, запись a[3] [2] означает, что речь идет о ячейке номер 2 внутреннего массива, который связан с ячейкой номер 3 внешнего массива.

Во многих случаях, по традиции, используются термины "строка" и "столбец", которые сохранились со времен языков вроде BASIC и Pascal. В этих языках массивы и в самом деле были "двумерными", то есть "прямоугольными таблицами", в которых легко было отыскать и строки, и столбцы.

Применимо же к языку Java термин "строка" – означает соответствующую ячейку внешнего массива, а термин "столбец" – соответствующую ячейку внутреннего массива, связанного с ячейкой внешнего. А поскольку до сих пор в достаточно большом количестве задач рассматривается ситуация, при которой размеры всех внутренних массивов одинаковы, то использование терминов "строка" и "столбец" продолжает оставаться распространенным.