В НКВД и НКГБ

В сентябре 1938 года возвращается на работу в органы госбезопасности. Меркулов вспоминал: «Первый месяц после приезда в Москву Берия заставлял меня ежедневно с утра и до вечера сидеть у него в кабинете и наблюдать, как он, Берия, работает»^[3]. 11 сентября 1938 года ему присвоено специальное звание Комиссар государственной безопасности 3-го ранга (в тот же день Берии присвоено специальное звание Комиссар государственной безопасности 1-го ранга^[7]).

С назначением Берия главой ГУГБ^[7] Меркулов назначается на должность его заместителя.

· С 29 сентября по 17 декабря 1938 года — заместитель начальника ГУГБ НКВД СССР.

· С 26 октября по 17 декабря 1938 года — начальник III-го отдела ГУГБ НКВД СССР.

· С 17 декабря 1938 года по 3 февраля 1941 года — первый заместитель наркома НКВД — начальник Главного управления государственной безопасности (ГУГБ).

«Хотя в конце 1938 г., когда Берия стал Наркомом внудел СССР вместо Ежова и, несмотря на мои просьбы не делать этого, выдвинул меня своим первым заместителем, он в оперативной работе всё же опирался главным образом на Кобулова. Сейчас мне совершенно ясно, что Берия выдвинул меня на эту должность главным образом только потому, что я был единственным русским из его окружения. Он понимал, что назначить первым заместителем Кобулова или Деканозова он не может. Такие кандидатуры не будут приняты. Оставалась одна моя кандидатура. Думаю, что Берия понимал, по крайней мере, внутренне, что я не был приспособлен по своему характеру для этой должности, но другого выхода, видимо, у него не было», — вспоминал Меркулов^[6].

· С 21 марта 1939 года по 23 августа 1946 года — член ЦК ВКП(б).

В октябре 1940 года Берия и Меркулов встречались с польскими военнослужащими на подмосковной даче с целью создания армии Берлинга.

В ноябре 1940 года Меркулов в составе делегации, возглавляемой Молотовым отправился в Берлин на переговоры с руководителями Германской империи. Он присутствовал на завтраке, устроенном Гитлером в Имперской канцелярии 13 ноября 1940 года в честь советской делегации. А вечером того же дня Молотов дал ответный ужин в советском посольстве в Берлине, на который помимо Риббентропа прибыл и рейхсфюрер СС Гиммлер.

В период с 3 февраля 1941 года по 20 июля 1941 года и с 14 апреля 1943 г. по 7 мая 1946 г. — народный комиссар (с марта 1946 года — министр) государственной безопасности СССР.

· С 31 июля 1941 года по 16 апреля 1943 года — первый заместитель наркома внутренних дел.

· С 17 ноября 1942 года по 14 апреля 1943 года — начальник 1-го отдела НКВД СССР.

· 4 февраля 1943 года присвоено специальное звание комиссар государственной безопасности 1-го ранга (специальные звания сотрудников органов государственной безопасности были упразднены Указом Президиума Верховного Совета СССР от 6 июля 1945 года).

В 1943—1944 гг. — возглавлял «Комиссию по предварительному расследованию так называемого Катынского дела»^[8][9][10].

9 июля 1945 года присвоено воинское звание генерал армии. (Постановление СНК СССР № 1664).

7 мая 1946 года снят с поста Министра государственной безопасности СССР.

«Ловко использовав против меня известное провокационное шахуринское дело, Абакумов в мае 1946 г. стал Министром госбезопасности СССР», — считал Меркулов^[6].

Как вспоминал сын Всеволода Меркулова: «По словам отца, его уволили с должности министра из-за мягкости. После войны, когда началась новая волна репрессий, Сталину на этой должности нужен был жёсткий и прямолинейный человек. Поэтому после отца МГБ возглавил Абакумов…»^[5].

Постановлением ЦК ВКП(б), принятым опросом 21—23 августа 1946 года, переведён из членов в кандидаты в члены ЦК ВКП(б).

«Из акта приёма и сдачи дел Министерства госбезопасности устанавливается, что чекистская работа в Министерстве велась неудовлетворительно, что бывший министр Госбезопасности т. Меркулов В.Н. скрывал от ЦК факты о крупнейших недочетах в работе Министерства и о том, что в ряде иностранных государств работа Министерства оказалась проваленной. Ввиду этого Пленум ЦК ВКП(б) постановляет: Вывести тов. Меркулова В.Н. из состава членов ЦК ВКП(б) и перевести в кандидаты в члены ЦК ВКП(б)». Постановление ЦК ВКП(б) от 23 августа 1946 года

С 23 августа 1946 года по 18 ноября 1953 года — кандидат в члены ЦК ВКП(б) — КПСС.

В Главном управлении советского имущества за границей ]

Я был назначен затем заместителем начальника Главсовзагранимущества и уехал за границу. Это назначение состоялось по инициативе товарища Сталина. Я расценивал его как выражение доверия со стороны товарища Сталина, учитывая, что я был послан за границу, несмотря на освобождение с такого поста, как Министр госбезопасности СССР^[6].

· С февраля 1947 по 25 апреля 1947 года — заместитель начальника Главного управления советского имущества за границей при Министерстве внешней торговли СССР.

· С 25 апреля 1947 года по 27 октября 1950 года — начальник Главного управления советского имущества за границей при Совете министров СССР по Австрии.