Задачей ГУ ФНС РФ является контроль над системой налогообложения в стране, в том числе организация работы налоговых инспекций на всех уровнях, получение, обобщение и анализ отчетов налоговых инспекций всех уровней о проделанной работе,
УФНС РФ по субъекту РФ – это территориальный орган, который следит за соблюдением налогового законодательства на территории субъекта, а также информирует ГУ ФНС РФ о поступлении налогов и сборов на территории субъекта. УФНС РФ по субъекту РФ осуществляет управленческие функции, то есть организует, координирует и контролирует работу нижестоящих налоговых органов.