При морфологическом исследовании обнаруживают дистрофические изменения гепатоцитов, зональные некрозы, активизацию и пролиферацию звездчатых эндотелиоцитов (клеток Купфера), в более тяжелых случаях – субмассивные и массивные некрозы печени, которые нередко являются патологоанатомическим субстратом печеночной комы. Холестатические варианты гепатита В сопровождаются вовлечением в процесс внутрипеченочных желчных ходов с образованием в них желчных тромбов с увеличением содержания билирубина в гепатоцитах.