Во время проведения основного этапа программы экологического аудирования на основе анализа исходных данных аудиторами проводится работа с персоналом и внутренней документацией предприятия, а также осуществляются собственные аудиторские оценки охватываемых программой проблем. Все получаемые данные отражаются в специальных аудиторских протоколах. Наиболее часто требуется составление специальных протоколов по следующим проблемам:
- классификация и ранжирование загрязняющих веществ, получаемых в результате производственного процесса;
- классификация и ранжирование источников воздействия на окружающую среду (отдельно для источников выбросов, сбросов, размещения отходов);
- система регулирования воздействий на окружающую среду (отдельно для различных режимов);
- система оценки эффективности регулирования воздействий на окружающую среду;
- эколого-экономическая и правовая ответственность, экологические санкции (отдельно для каждого направления деятельности).