Какую файловую систему выбрать?

В качестве корневой файловой системы я бы посоветовал вам выбрать UFS2. На новом оборудовании она не так уж и плоха, а ZFS старому оборудованию вообще противопоказана. При наличии мощного и современного "железа" можно выбрать ZFS, но совсем недавно ZFS была экспериментальной, имеет смысл, пока подождать.

Что же касается долгого разговора о производительности файловых систем, то приростом производительности UFS2 и ZFS обязаны, по сути, не каким-то особым своим свойствам, а новому оборудованию, которое сравняло шансы всех файловых систем.