Управление санитарно-гигиенического надзора
Управление эпидемиологического контроля
Управление санитарно-эпидемиологического надзора на транспорте
Управление организационно-правовой и кадровой работы
Управление административного обеспечения
Управление экономики и финансов
Управление бухгалтерского учета и отчетности
Территориальные подразделения ГУ КГСЭН МЗ РК
Департаменты Государственного санитарно-эпидемиологического надзора КГСЭН МЗ РК по областям (ДКГСЭН) и городам республиканского значения. Возглавляет Департамент –директор, главный сан.врач области.