Отношения между аудитором и проверяемой организацией строятся на основе гражданско-правового договора, а именно: договора возмездного оказания услуг.
Положения, касающиеся ответственности экономического субъекта при проведении налогового аудита, аналогичны положениям при обычном аудите (соблюдение законодательства, достоверность предоставляемой аудиторской организации информации, неустранение выявленных искажений отчетности и т.д.). Однако в методике описание вопросов ответственности дано более четко и подробно, чем во многих правилах (стандартах) аудиторской деятельности.
Руководство экономического субъекта несет ответственность за соблюдение действующего налогового законодательства, полноту и точность налоговых расчетов и за правильность и своевременность уплаты причитающихся налогов и сборов и бюджет и внебюджетные фонды. Также должностные лица аудируемого предприятия несут ответственность за юридическое оформление предоставляемых аудиторской организации документов, достоверность предоставляемой информации, документов, сведений, а также за любые ограничения возможности осуществления аудиторской организацией своих обязательств.
Персонал проверяемого экономического субъекта, в том числе его руководство, несет ответственность:
а) за возникновение непреднамеренных и преднамеренных искажений бухгалтерской отчетности, налоговых деклараций и справок;
6) за непринятие мер по предупреждению возникновения подобных искажений;
в) за неустранение или несвоевременное их устранение.
Перед проведением налогового аудита аудиторская организация вправе потребовать от руководства экономического субъекта письменного подтверждения понимания того факта, что проведение налогового аудита не снимает ответственность с руководства экономического субъекта за правильность и своевременность исполнения обязательств по налогам и сборам, а также за выполнение требований действующих нормативных актов. Такое подтверждение может быть предоставлено в форме соответствующих положений договора на проведение налогового аудита или заявления об ответственности, подписанного руководителем организации.
Аудиторская организация ответственна за правильность и полноту данных, отраженных в заключении и (или) отчете аудитора о выявленных им искажениях.
В случае выявления нарушений налогового законодательства и искажений бухгалтерской и налоговой отчетности экономического субъекта, носящих существенный характер, аудиторская организация должна сообщить руководству экономического субъекта об ответственности за допущенные нарушения и необходимости внесения изменений в бухгалтерскую отчетность, уточнения налоговых деклараций и расчетов.
Если руководитель экономического субъекта не сочтет нужным внести поправки и исправления в налоговые декларации и бухгалтерскую отчетность, аудиторская организация должна направить письмо-уведомление на имя руководителя организации о данном факте и сообщить об ответственности за нарушение действующего законодательства.
Аудиторская организация несет ответственность за несоблюдение конфиденциальности коммерческой информации экономического субъекта, выразившееся в разглашении без разрешения экономического субъекта сведений о выявленных искажениях бухгалтерской отчетности, заполняемых налоговых деклараций и справок третьим лицам (за исключением случаев, прямо предусмотренных действующим законодательством).