В царствование Николая I особое значение приобрела «Собственная его императорского величества канцелярия», оттеснившая на второй план Государственный совет и Сенат. В ней ещё с 1812 г. сосредоточивались дела, подлежащие «высочайшему усмотрению»: все доклады почти по всем ведомствам проходили к царю через этот орган. До 1825 г. ею управлял Аракчеев.
При Николае I она стала органом, выполнявшим непосредственные поручения императора по всем важнейшим вопросам государственного управления.
В царствование Николая I законопроекты стали разрабатываться в Собственной его императорского величества канцелярии, в министерствах и специальных комитетах. Обсуждение их в Государственном совете приобрело формальный характер. Нередки были случаи, когда законопроекты вносились в Государственный совет с резолюцией царя: «Желательно мне, чтоб принято было», или вообще принимались без обсуждения.
Аппарат канцелярии разрастался, в его структуре появились отделения: Первое, Второе и Третье - в 1826 г., Четвертое - в 1828 г., Пятое - в 1836 г. и Шестое - в 1842 г.
Первое отделение осуществляло контроль над министерствами, готовило законопроекты, ведало назначением и увольнением высших чиновников (с одобрения и утверждения царя).
Перед Вторым отделением была поставлена задача кодификации законов. В нём, под руководством М.М. Сперанского (возвращенного из ссылки в 1821 г.), были подготовлены «Полное собрание законов Российской империи» (1830 г.) и «Свод законов Российской империи» (1835 г.).
Мрачную известность получило Третье отделение, которое возглавил генерал-адъютант граф А.Х. Бенкендорф.
Он же стал шефом Отдельного корпуса жандармов, созданного в 1827 г. Третье отделение выполняло функции тайной политической полиции, особенно в борьбе с революционным движением, а Отдельный корпус жандармов служил основным силовым инструментом самодержавной власти внутри страны.
Четвертое отделение ведало благотворительными учреждениями и женскими учебными заведениями.
Пятое отделение было создано для разработки проекта реформ управления государственными крестьянами.
Шестое отделение с 1842 по 1845 гг. готовило предложения по управлению Кавказом.
Собственная е.и.в. канцелярия с её отделениями постепенно приобретала черты органа верховной власти.