Карусельная флягомоечная машина имеет несколько секций, через которые проходят фляги. В отверстие корпуса машины на вращающийся под (карусельный стол) ставится вверх дном фляга с открытой крышкой. Фляга подается в первую секцию, где под давлением в 2-3 атм обмывается как снаружи, так и внутри сильно бьющими струями холодной воды; во второй секции фляга обмывается струями горячего 0,5%-ного раствора кальцинированной соды; в следующей секции фляга ополаскивается горячей водой для отмывки соды, в последней секции фляга обрабатывается паром, а в некоторых системах машин в дополнительной секции фляги обсушиваются горячим сухим воздухом (при 90- 120°С).
Баки для моющих растворов, фильтры и насосы находятся под карусельным столом корпуса флягомоечной машины. Мойка внутренней поверхности фляг осуществляется через форсунки, а наружней - через перфорированные трубки.
На предприятии работа флягомоечной машины увязывается с вспомогательными машинами, в частности с транспортером-капельником. Чистые фляги, вынутые из машины, ставятся на транспортер, подающий фляги на площадку для погрузки на автотранспорт или в железнодорожные вагоны.