Инфекционная заболеваемость в Республике Башкортостан имеет тенденцию к снижению и составила за последние три года в среднем 3021,9 на 1000000 населения.
Снижается заболеваемость населения краснухой, менингококковой инфекцией. Однако отмечается рост коклюша, кори, инфекционного мононуклеоза.
Заболеваемость кишечной инфекцией составляет в среднем 350 на 100000 населения, при снижении уровня бактериальной дизентерии.
В 2014г. увеличилась заболеваемость ГЛПС, ветряной оспой, сальмонеллезом, скарлатиной. Заболеваемость вирусным гепатитом В в республике, как и в целом в РФ, имеет тенденцию к снижению, отмечается нестабильность ситуации с вирусным гепатитом С.