Чётко дифференцируются отделы: передняя, средняя и задняя кишка. При этом передняя и задняя кишка имеют эктодермальное происхождение (что объясняет их покрытие кутикулой), а средняя кишка – энтодермальное. У многих представителей имеется развитый ротовой аппарат. В пищеварительный тракт открывают протоки различные железы.