Входными воротами стафилококка может быть поврежденная кожа, слизистые оболочки, ЖКТ, конъюнктива век и пупочная ранка. На месте входных ворот возникает местный воспалительный процесс, локализованные формы болезни. Вторичные стафилококковые поражения развиваются на фоне уже имеющейся очагов стафилококковой инфекции с поражением различных органов.
При снижении специфической иммунологической реактивности возможна генерализация с развитием септицемии или септикопиемии с поражением ЦНС и развитием вторичного гнойного менингита.
В генезе развития стафилококкового заболевания важную роль играют два фактора - состояние иммунной системы макроорганизма и вирулентность возбудителя, которая связана с их способностью к выживанию в неблагоприятных условиях, с продуцированием ферментов и токсинов, с антибиотикорезистентностью, со способностью к внутриклеточной персистенции. Резистентность макроорганизмов к инфекции связана с целостностью кожных покровов и слизистых оболочек, а также с нормальным функционированием иммунной системы.